Caver Web 1.0: identification of tunnels and channels in proteins and analysis of ligand transport

Logo poskytovatele
Logo poskytovatele
Logo poskytovatele

Varování

Publikace nespadá pod Pedagogickou fakultu, ale pod Přírodovědeckou fakultu. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.
Název česky Caver Web 1.0: identifikace tunelů a kanálů v proteinech a analýza transportu ligandu
Autoři

ŠTOURAČ Jan VÁVRA Ondřej KOKKONEN Piia Pauliina FILIPOVIČ Jiří RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO José Gaspar BREZOVSKÝ Jan DAMBORSKÝ Jiří BEDNÁŘ David

Rok publikování 2019
Druh Článek v odborném periodiku
Časopis / Zdroj Nucleic acids research
Fakulta / Pracoviště MU

Přírodovědecká fakulta

Citace
www Full Text
Doi http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkz378
Klíčová slova BINDING; STABILITY; MECHANISM; MYOGLOBIN; MIGRATION; DYNAMICS; KINETICS; PATHWAY; ENZYMES; SERVER
Přiložené soubory
Popis Caver Web 1.0 je webový server pro komplexní analýzu tunelů a kanálů v proteinech a pro studium transportu ligandu přes tyto transportní cesty. Caver Web je první interaktivní nástroj umožňující obě analýzy v jednom grafickém uživatelském rozhraní. Server je vybudován nad hojně užívaným nástrojem pro detekci tunelů Caver 3.02 a nad CaverDock 1.0 umožňujícím studium transportu ligandů. Program se snadno ovládá, jelikož vyžaduje pouze strukturu proteinu pro identifikaci tunelů a seznam ligandů pro analýzu transportu. Procedury pro automatické nastavení výpočtů asistují uživatelům tak, aby získali biologicky relevantní výsledky. Identifikované tunely, jejich vlastnosti, energetické profily a trajektorie průchodů ligandů mohou být spočítány a vizualizovány. Nástroj je velmi rychlý (2-20 minut na úlohu) a je použitelný dokonce pro virtuální screening. Jeho snadné nastavení a ucelené grafické rozhraní dělá nástroj přístupným pro širokou vědeckou komunitu. Server je volně k dispozici na https://loschmidt.chemi.muni.cz/caverweb.
Související projekty:

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.