Acceleration of dRMSD Calculation and Efficient Usage of GPU Caches

Logo poskytovatele

Varování

Publikace nespadá pod Pedagogickou fakultu, ale pod Fakultu informatiky. Oficiální stránka publikace je na webu muni.cz.
Název česky Akcelerace dRMSD výpočtu a efektivní užití GPU cache
Autoři

FILIPOVIČ Jiří PLHÁK Jan STŘELÁK David

Rok publikování 2015
Druh Článek ve sborníku
Konference Proceedings of IEEE International Conference on High Performance Computing & Simulation
Fakulta / Pracoviště MU

Fakulta informatiky

Citace
Doi http://dx.doi.org/10.1109/HPCSim.2015.7237020
Obor Informatika
Klíčová slova RMSD; GPU; code optimization; cache
Popis In this paper, we introduce the GPU acceleration of dRMSD algorithm, used to compare different structures of a molecule. Comparing to multithreaded CPU implementation, we have reached 13.4x speedup in clustering and 62.7x speedup in 1:1 dRMSD computation using mid-end GPU. The dRMSD computation exposes strong memory locality and thus is compute-bound. Along with conservative implementation using shared memory, we have decided to implement variants of the algorithm using GPU caches to maintain memory locality. Our implementation using cache reaches 96.5 % and 91.6 % of shared memory performance on Fermi and Maxwell, respectively. We have identified several performance pitfalls related to cache blocking in compute-bound codes and suggested optimization techniques to improve the performance.
Související projekty:

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.