p- SRM, SWATH a HRM – cílené proteomické přístupy na hmotnostním spektrometru TripleTOF 5600+ a jejich aplikace v onkologickém výzkumu

• Autoři: FAKTOR Jakub; MICHALOVÁ Eva; BOUCHAL Pavel
• Rok publikování: 2014
• Druh: Článek v odborném periodiku
• Časopis / Zdroj: Klinická onkologie
• Fakulta / Pracoviště MU: Přírodovědecká fakulta
• Obor: Biochemie
• Klíčová slova: proteomics; selected reaction monitoring; oncology; SWATH; biomarkers; molecula diagnostics
• Popis: Vývoj diagnostických a terapeutických přístupů v onkologii vyžaduje, kromě jiného, citlivé kvantitativní přístupy pro stanovení proteinů souvisejících s nádorovými procesy v klinických vzorcích. V tomto článku jsou představeny nové kvantitativní metody cílené proteomiky. Hlavní potenciál metod monitorování vybraných reakcí (SRM) a pseudo- SRM spočívá v kvantifi kaci předem vybraných proteinů ve větších souborech vzorků s vysokou citlivostí a selektivitou, čímž představují alternativu ke stávajícím imunochemickým přístupům. Potenciál HRM a SWATH spočívá naopak v získávání digitálních proteomických fi ngerprintů, z nichž je následně možné extrahovat kvantitativní proteomická data na podobném principu jako u SRM. Článek představuje aplikace uvedených metod v řadě studií z oblasti onkologického výzkumu, kde byly použity ke stanovení a validaci stávajících i nově navrhovaných proteinových bio markerů a při studiu jejich úlohy v mechanizmu vzniku a vývoje nádorů.

Související projekty

• Nový panel proteinů korelujících se stavem lymfatických uzlin u low-grade nádorů prsu: Klinická verifikace a úloha v invazivitě nádorových buněk