Povinnosti studenta prezenční formy studia spočívají ve vedení výuky (cca 4 hodiny týdně) a dále v odborných asistentských činnostech na katedrách a institutech dle specifikace vedoucího pracoviště (cca 4-8 hodin týdně). Studium probíhá dle individuálního studijního plánu (ISP) pod dohledem školitele a v souladu se Studijním a zkušebním řádem a Směrnicí děkana č. 5/2019.

Student pobírá měsíční stipendium 12 000 Kč (částku stanovuje kolegium děkana dle směrnic MŠMT) 12 měsíců v roce. Výplata stipendií se řídí Stipendijním řádem MU a Směrnicí děkana č. 5/2019.. Student dále požívá studentských výhod (ubytování na kolejích, stravování v univerzitních menzách, slevy na dopravě). Zdravotní i sociální pojištění hradí za prezenční studenty stát do 26 let věku studenta, viz zákon č. 155/1995 Sb. o důchodovém pojištění část III., par. 20, odst. 3. Student má případné úlevy na daních a nárok na sociální dávky, pokud na ně vzniká nárok podle zákona (zákon č. 155/1995 Sb. o důchodovém pojištění a zákon č. 586/ 92 Sb. o daních z příjmů v platném znění)

Student je zpravidla zaměstnán, studijní povinnosti plní rovněž dle individuálního studijního plánu, Studijního a zkušebního řádu, Směrnicí děkana č. 5/2019a je v častém kontaktu se svým školitelem. Stipendium a další výhody prezenčních studentů nemá.

Dle Studijního a zkušebního řádu – článku 27 může student požádat o pokračování ve studiu v prezenční formě studia po uplynutí standardní doby studia, a to nejvýše po dobu jednoho akademického roku. O pokračování ve studiu v prezenční formě studia rozhoduje děkan na základě návrhu studenta doloženého vyjádřením školitele a vyjádřením předsedy oborové rady.

Pokud student prezenční formy studia neukončí studium ve standardní době, popřípadě ve standardní době zvětšené o jeden akademický rok na základě rozhodnutí děkana, bude převeden automaticky do kombinované formy studia. Dnem převedení jim přestává platit ISIC karta na slevy a dotované stravování. (Hotovost uloženou na kartě je proto třeba včas vyzvednout v menze rektorátu MU na Moravském náměstí).

Doktorské studium, je specifické důrazem na vlastní činnost doktorandů. Je součástí systému strukturovaného studia a řídí se Zákonem č. 111/1998 Sb. o vysokých školách, Studijním a zkušebním řádem MU a Směrnicí děkana č. 5/2019. Doktorské studijní programy jsou nejvyšším stupněm univerzitních vzdělávacích programů. Podmínkou přijetí ke studiu je absolvování studia na magisterské úrovni a prokázání předpokladů k vědecké práci.

Pedagogická fakulta Masarykovy univerzity nabízí tři doktorské studijní programy v osmi akreditovaných oborech.

Cílem studia v doktorských studijních programech je především vědecká příprava studenta, rozvíjející jeho předpoklady k badatelsky orientovanému uplatnění zejména v oblasti vysokého školství a vědeckovýzkumných ústavů. 

Studium v zahraničí mohou studenti realizovat studiem pod dvojím vedením, založeným na dohodě Masarykovy univerzity a zahraniční vysoké školy. Studentovi pak přiznán i titul na této škole získaný. 

Forma studia je prezenční a kombinovaná. Studentovi v prezenční formě studia může být přiznáno stipendium.