Je nutné dbát na přesné dávkování, jedna dávka by neměla překročit 1 g a celková denní dávka by neměla být vyšší než 3 g.
Předávkování pelyňkem (dlouhodobé užívání a vysoké dávky) může způsobit otravu, která se projeví zvracením, bolestmi hlavy nebo bezvědomím.
Těhotné a kojící ženy pelyněk v žádné případě nesmí užívat!