Lomikámen zrnatý je vytrvalá rostlina, která dorůstá až do výšky 50 cm. Přízemní listy jsou dlouze řapíkaté, okrouhlé až ledvinovité na okraji vroubkované až laločnaté. Nahoře rozvětvená lodyha je chudě listnatá, pýřitá a někdy načervenalá. Lodyžní listy jsou obvejčité až podlouhlé, velmi řídké a přisedlé. Bílé květy vyrůstají v 3 až 20květém vrcholíku. Plod je vejčitá, mnohosemenná tobolka. Kvete od května do června.