Yzop lékařský je vytrvalá bylina, která ve spodní části dřevnatí. Dorůstá výšky až 50cm. Lodyha je čtyřhranná, odspodu rozvětvená. Nese téměř přisedlé listy, čárkovitě kopinaté, celokrajné, které při rozdrcení příjemně vonní. Z úžlabí horních listů vyrůstají květenství pyskatých květů modrofialové barvy. Zřídka se může vyskytnout i bílá, žlutá či růžová barva. Plodem je tvrdka.