Institut výzkumu školního vzdělávání PdF MU byl zřízen ke dni 1. 2. 2010. Vznikl transformací Centra pedagogického výzkumu, jež bylo zřízeno 1. 7. 2003 s cílem posílit vědeckou a výzkumnou práci na fakultě, zejména v oblasti oborových didaktik.

Institut výzkumu školního vzdělávání navazuje na tradice fakulty, které sahají až do jejího vzniku v roce 1946. Vědeckou orientaci fakulty tehdy reprezentovaly takové osobnosti jako Jan Vaněk, Vilém Chmelař, Otokar Chlup, Ladislav Dvořáček, František Trávníček a jiní. Časté reorganizace fakulty v dalších letech však vědeckému bádání nepřály. Pokusem zvrátit nepříznivou situaci byla iniciativa některých pracovníků fakulty (Bohumír Blížkovský, František Holešovský, Stanislava Kučerová a Josef Maňák), kteří využili příznivých podmínek obrodného procesu a v roce 1968 založili Laboratoř pro pedagogický výzkum, která však v období tzv. normalizace mohla existovat pouze formálně. Pokusem o její funkční uplatnění po pádu komunistického režimu bylo obnovené pracoviště s názvem Laboratoř výzkumu výchovy a vzdělávání v roce 1990, ale ani jí se nepodařilo získat výraznější podporu fakulty.

Institut výzkumu školního vzdělávání (dříve Centrum pedagogického výzkumu), v pořadí již třetí pracoviště s vědeckovýzkumným zaměřením, má předpoklady pro naplňování cílů fakulty v této oblasti, neboť má zajištěny základní podmínky pro své fungování, jimiž jsou personální obsazení a odpovídající pracovní prostory a technické vybavení. Transformace Centra do Institutu výzkumu školního vzdělávání představuje další krok směrem k naplnění vědeckovýzkumných cílů v této oblasti.